Pour comprendre les pratiques shinto, rites comme les pratiques de l’eau , les ablutions, ou les noritos, prières shinto, il faut connaître la mythologie qui sert de base à ces pratiques. Car la purification par l’eau , vient de l’histoire du Dieu Izanagi, après sa descente aux enfers. voici un fragment du Kojiki sur la création du monde :

A l'origine, la Terre existait sous des formes incertaines, comme "une tache d'huile qui flotte et dérive comme une méduse" (d'après le Koijiki). C'est en ces temps que trois dieux invisibles apparurent dans le Takamanohara, "les hautes plaines célestes": l'aîné Amanominakanushi no kami ("seigneur du milieu du ciel"), suivi de Takamimusubi et Kamimusubi. Eux trois, avec deux autres divinités secondaires (Umashiashikabihikoji no kami et Amanotokotachi no kami) forment les cinq Divinités célestes autonomes. Après cette première génération de dieux, sept autres générations de dieux et déesses célestes apparurent. Le couple originel de la mythologie japonaise en est issu. Ils se nomment Izanami no mikoto, "l'Auguste Femelle", et Izanagi no mikoto, "l'Auguste Mâle". D'abord frère et soeur, ils sont ensuite époux.

Choisi par les dieux, le couple reçut pour mission de "compléter et de solidifier cette terre à la dérive". Suivant leur but, Izanagi et Izanami se rendirent sur le pont flottant du ciel et plongèrent une lance ornée de pierres précieuses dans la mer. En sortant la lance de l'eau, quelques gouttelettes tombèrent de celle-ci et s'en allèrent former l'île Onogoro, "première terre ferme". Les deux dieux vinrent à Onogoro et là, élevèrent un pilier céleste et construisirent un palais. Leur foyer étant installé, ils décidèrent donc de procréer.

Partant à la découverte de leurs corps respectifs, Izanami et Izanagi se rendirent vite compte de la complémentarité possible de leurs corps. Ils inventèrent alors un rite nuptial durant lequel ils durent chacun tourner autour du pilier céleste, Izanami à droite et Izanagi à gauche. Une fois qu'ils se rencontrèrent, ils échangèrent quelques formules, et n'eurent plus qu'à passer à l'acte pour achever le rite.

L'enfant dont Izanami accoucha, Hiruko, était horriblement difforme, il porte également le nom de l'enfant Sangsue. Très déçu, le couple le plaça dans une barque de joncs et l'abandonna aux flots maritimes. Après une consultation divinatoire, il fut entendu qu'Izanmi était seule responsable de ce malheur (souvent vu dans presque toutes les mythologies). Elle avait osé parler en première lors du rituel. Sachant d'où venait l'erreur, le couple exécuta une deuxième fois le rituel, Izanagi parlant d'abord.

Bien évidement, le rite ayant réussi à merveille, Izanami se retrouva très féconde. Elle donna tout d'abord naissance à l'archipel du Japon, puis les dieux respectifs du Vent, des Montagnes, des Arbres ainsi qu'à de nombreux autres dieux et déesses... Et enfin arriva Kagutsuchi no kami (ou Homusubi), le dieu du Feu. Il brûla les entrailles de sa mère. Izanami en mourut, et en mourant elle continuait à engendrer des divinités. Triste, Izanagi en pleura des larmes qui devinrent des divinités. Son chagrin se mût alors en colère et il décapita son fils, le dieu du Feu, celui-ci étant responsable de la mort d'Izanami. De la dépouille du dieu émergea encore un groupe de dieux et les êtres humains.

Se retrouvant seul, Izanagi décida de se rendre au royaume des morts (ou monde d'En-Bas), appelé le Yomi, dans le but de ramener son épouse à la vie (comme le mythe grec d'Orphée qui parti chercher Eurydice). C'est au seuil du Yomi qu'apparut Izanami, entourée d'ombres, et après l'avoir saluée, Izanagi lui demanda de partir avec lui. Izanami s'en alla faire sa requête auprès des dieux du Yomi, et avant de le quitter, elle conseilla à Izanagi de ne pas la regarder. Izanagi ne tint pas compte du conseil, il cassa une dent de son peigne (kushi en japonais) et l'enflamma. Il rentra ensuite dans le Yomi et vit alors Izanami: elle n'était qu'un cadavre en décomposition mangé par des vers. Surpris et dégoûté, Izanagi s'enfuit. Izanami pris cela comme une offense, une trahison, et envoya les sorcières du Yomi, huit divinités du tonnerre ainsi qu'une horde de guerriers à la poursuite du malheureux Izanagi.

Izanagi s'enfuyant toujours sur le chemin de la terre des vivants, il lança trois pêches sur ses assaillants, ce qui eut pour heureux effet de les faire reculer. Par la même occasion, Izanami se transforma en un démon, et se lança également dans la poursuite. Izanagi lui barra alors la route avec un énorme rocher, et à partir de cet instant, les époux séparés par le rocher "brisèrent la foi qu'ils s'étaient jurée". Voici la fin d'un mariage heureux. Débarrassé de ses poursuivants Izanagi alla se purifier de ce voyage dans une petit rivière à Hyûga (au nord-ouest de Kyûshû).

Dans sa baignade, il enleva ses vêtements qui devinrent une foule de dieux et déesses, et d'autres apparurent quand il se baignait. C'est ainsi qu'il engendra trois divinités principales du panthéon shintoïste. La déesse du Soleil, Amaterasu no mikoto ("l'auguste qui fait resplendir les cieux), naquit quand il se lava l'oeil gauche; Tsuki yomi no mikoto ("l'auguste lune") de l'oeil droit et enfin Susano wo no mikoto ("l'auguste male impétueux") de son nez. Izanagi leur partagea alors son royaume. Amaterasu reçut son collier de perles, symbole de la souveraineté, ainsi que les Plaines célestes. Il donna à Tsuki les sphères de la nuit (il faut savoir qu'au Japon la lune est masculine et le soleil féminin) et pour finir Susano eut droit à la suprématie sur l'océan.

Ils acceptèrent tous leur rôle, excepté Susano qui refusa de régner sur les océans car il préférait aller rejoindre sa mère (Izanami). Izanagi le bannit tout simplement et se retira, ayant accomplit sa mission. Là il existe diverses version qui le font soit monter au ciel, où il vivrait toujours dans le "plus jeune palais du Soleil", ou alors il serait enseveli à Taga (actuellement dans la préfecture de Shiga, dans l'île Honshû). En ce qui concerne Susano, bien que bannit, cela ne l'empêchera point d'aller tourmenter sa soeur Amaterasu.